سید مظفرعلی شاہ حضرت سید امجد علی شاہ کے فرزند رشید اور حضرت شاہ نیاز بریلوی کے صاحبزادے حضرت نظام الدین احمد کے خلیفہ تھے۔ آپ کی پیدائش 21 جمادی الاول 1228ھ کو آگرہ میں ہوئ، اللہی تخلص کرتے تھے، خواجہ معین الدین چشتی اور سیدنا امیر ابوالعلا سے گہری عقیدت تھی، تمام عمر آگرہ میں طالبان راہ حقیقت کو تعلیم و تلقین فرماکر 9 ربیع الاول 1299ھ میں رحلت فرمائی۔ مزار مدرسہ پنجہ، آگرہ کے صحن میں واقع ہے۔ تصوف میں ایک ضخیم کتاب تین جلدوں پر مشتمل "جواہر غیبی" کے عنوان سے آپ کے کمالات کی بہترین یادگار ہے۔ اسے مطبع نول کشور لکھنو نے شائع کیا ہے۔