سلطان محمد قلی قطب شاہ ثانی، ابراہیم قطب شاہ کے صاحبزادے تھے، ابراہیم شاہ کے بعد ماہ جون 1581ء موافق ماہ ربیع الثانی 989ھ میں تخت نشین ہوئے، انہوں نے نہایت الوالعزمی کے ساتھ حکومت کی، ان کا پہلا کارنامہ حیدرآباد کی بنیاد ہے، مشہور ہے کہ سلطان نے ابتدا میں شہر کا نام اپنی محبوبہ "بھاگ متی" کے نام پر "بھاگ نگر" رکھا اور مشہد مقدس کے نمونے پر اسے تعمیر کرایا تھا بعدہٗ اس نام کو حیدرآباد سے تبدیل کردیا۔ سلطان محمد قلی قطب کے دربار میں اہل علم و کمال کی خوب قدر تھی، اس علم دوست سلطان کو علم و ادب سے خاص رغبت تھی، "کلیات قطب" آج بھی کتب خانہ آصفیہ (حیدرآباد) میں اس کی ادبی قابلیت کی یاد دلاتا ہے جس میں ہندی، فارسی اور دکنی زبان میں غزلیں موجود ہیں، انہوں نے 31 سال نہایت کامیابی کے ساتھ حکومت کی اور 11 جنوری 1612ء موافق 17 ذی قعدہ 1020ھ میں انتقال کیا۔